Цель работы Фонда поддержки прикладных экологических разработок и исследований «Озеро Байкал» – содействие естественнонаучным, гуманитарным проектам и инициативам, которые направлены на сохранение и развитие Байкальской природной территории и озера Байкал.
Деятельность Фонда направлена на поддержку научных учреждений, заповедных территорий, общественных и государственных проектов по сохранению и развитию Байкальской природной территории и озера Байкал. При поддержке Фонда проводятся исследования, направленные как на изучение и преодоление экологических проблем озера, так и на раскрытие его потенциала для научных и социальных инноваций.