По какой госпрограмме можно очистить загрязненный водоем?

Здесь очень важна конкретика. Например, есть программы по Байкалу и Волге. Госпрограмма по Волге включает в себя модернизацию очистных сооружений в городах. А есть нацпроект по расчистке небольших водотоков, их дноуглубление. Поэтому чтобы ответить на Ваш вопрос, нужно понимать, о каком именно водоеме идет речь. Очевидно, что не все загрязненные водоемы входят в такие программы. Обычно критериями для попадания в программу являются: степень загрязнения, экономическая или природно-культурная значимость водоема.